Le célèbre club de basket Teikou possédait une équipe de 5 joueurs au talent tel que l'on en voit qu'un tous les 10 ans. On les appellait: "La génération des prodiges". Cependant une rumeur circulait sur cette génération. Un certain joueur surpassant ces cinq génies faisait partie de ce club de basket. Mais personne ne le connait et il n'a participé à aucun match officiel. C'est le sixième joueur fantôme, Kuroko Tetsuya.

Dans sa nouvelle école, Seirin, il va rencontrer Kagami Taiga, qui a fait une partie de son collège en Amérique, le meilleur endroit pour apprendre à jouer au basket. C'est un talent à l'état pur.
Ensemble ils auront pour but de devenir les meilleurs du Japon en battant les cinq génies !