Kourokami Medaka, fille d'une famille noble, dotée d'une prestance et d'un charisme sans égal, a été élu présidente du conseil de son lycée bien qu'elle ne soit qu'en première année, avec plus de 95% des voix. Dès son arrivée au conseil, elle s'empresse de mettre en place une boîte à suggestions, très vite appelée la Medaka Box.

A l'aide du conseil, composé uniquement de son ami d'enfance Hitoyoshi Zenkichi, elle se charge de tout les problèmes ou idées déposées dans la boîte à suggestions. Aventures délirantes et accrochantes en prévisions !