Sekirei raconte l'histoire d'un jeune lycéen nommé Sahashi Minato dans le Tokyo moderne. Après sa 2ème année consécutive ratée, il ne sait plus ce qu'il doit faire et pense peut-être à rentrer dans son village natal avec sa famille qui l'attend là-bas. Plongé dans ses pensées, il n'entend pas le cri féminin tandis qu'une jolie jeune fille tombe des airs sur lui.

Après une petite échappée pour s'enfuir face à deux femmes qui la pourchassait, Minato connaît le nom de la jeune fille : Musubi. Celle-ci se prétend Sekirei et après un baiser ardent, elle lui annonce qu'il est son Ashikabi. Ainsi commence les aventures de Minato dans le monde des Sekireis, toutes aussi sexy les unes que les autres.