Il y a de cela douze ans, Kyubi, un démon ayant la forme d'un renard à neuf queues, entreprit la destruction du village de ninjas du nom de Konoha. Le quatrième Hokage, titre du plus puissant ninja du village, neutralisa ce démon en se sacrifiant et en le scellant dans le corps d'un nouveau-né : Naruto Uzumaki.

L'histoire commence vers les douze ans de Naruto. Orphelin, il fait toutes les bêtises possibles pour se faire remarquer. Son rêve : devenir Hokage afin d'être reconnu par les habitants de son village. En effet, le démon scellé en lui a attisé la crainte et le mépris des autres villageois. Malgré cela, Naruto s'entraînera dur afin de réaliser son rêve...